三瀬谷神社には周辺地域の神社の御祭神が合祀されており現在２６柱の御祭神が祀られています

　『三瀬谷神社』の創始は資料や口承も乏しく定かでは
ありませんがそれによると、倭姫命が天照大神のご鎮座地を探して宮川沿いに遡ってこられました。
　その時に現在の三瀬の渡し跡で御輿を止められ、その場所に神社が建立されました。
　その神社は由緒もあり郷人の崇敬も集めていたので
江戸時代初期（およそ1630年代）にその神社を佐原地区の郷人が分祀し、建立したのが『三瀬谷神社』の始まりと伝えられています。
　その後、明治政府により合祀の推進があり 周辺地域の神社が合祀され、今日の『三瀬谷神社』となりました。
　平成22年４月28日三瀬谷神社御本殿が国の登録有形文化財に選定されました。